在組織或細胞培養過程的許多步驟中都使用水。它是緩沖液和介質的主要成分，用于溶解添加劑和藥物，以及沖洗生物反應器，塑料制品和玻璃制品。因此，水質可能在細胞培養實驗結果中起重要作用。

細菌，酵母或霉菌對細胞培養物的污染一直是一個令人擔憂的問題，科學家竭盡全力避免它們。這些污染通常是肉眼或通過光學顯微鏡可見的。但是，化學物質的污染也可能影響培養細胞的生長，形態或行為，但肉眼無法察覺。

水中天然存在的一些化合物會影響細胞培養：

細菌和內毒素
細菌污染會導致培養基pH值突然變化并污染純培養物。此外，大多數革蘭氏陰性細菌會釋放內毒素，這是一種復雜的脂多糖（LPS）。巨噬細胞和單核吞噬細胞響應內毒素刺激釋放多種促炎細胞因子。內毒素也會影響其他類型的細胞，甚至缺乏CD14內毒素受體的細胞。影響包括細胞生長和功能的變化，克隆效率以及重組蛋白的產生。

無機離子
汞，鉛，鋅，鎳，鉻和鎘等重金屬已被證明對各種細胞（包括神經膠質細胞和神經細胞）有毒。鎂抑制6-磷酸葡萄糖脫氫酶和DNA核酸酶II。錳導致DNA聚合酶將核糖而非脫氧核糖摻入新生的DNA鏈中。

有機化合物
小有機分子通常存在于原水供應中（腐殖酸，單寧酸，農藥，內分泌干擾物等），并可能殘留在自來水中。已知這些物質會影響細胞的發育，因此應在實驗室級水的生產過程中通過適當的方法將其除去。 

此外，水還用于許多與細胞培養有關的儀器中，例如高壓滅菌器和培養箱。